גרגרי השומשום השחור דומים בגודלם לגרגרי השומשום הבהיר, אבל טעמם שונה, עמוק ומורכב. השומשום השחור משמש ביפן כקישוט לרולים של סושי ולסלטים. בנוסף הוא משמש כתבלין שמוסיפים על אורז מבושל. אפשר לטחון אותו באופן גס ולהשתמש בו כמלית מלוחה למגוון מאכלים או להוסיף סוכר ולהוסיף כמלית למאפים מתוקים בדומה לפרג.